Scharnegoutum is aan de oostelijke rand van de voormalige Middelzee een terpdorp waarvan het profiel duidelijk is te merken. Maar de terp ligt bezijden de doorgaande weg die naar de brug over de Zwette, de trekvaart tussen Sneek en Leeuwarden, loopt. De terpvoet is te herkennen aan de oplopende tuin van de klassieke pastorie. Er zijn terpvondsten uit de 4de en 7de eeuw. Tijdens de bedijking van de Middelzee is de terp opgenomen in het dijkcomplex.
Het dorp heeft geprofiteerd van de ligging aan de trekvaart en de rijweg tussen Leeuwarden en Sneek. Daar stonden aanvankelijk de huizen en werk